中国科技创新困境突出表现为创新投入快速增长与全要素生产率增速(TFP)下降之间的矛盾,破解这一困境的关键在于识别市场机制对不同类型研发活动的差异化影响。采用工业行业面板数据进行实证检验,研究发现:(1)中国科技创新困境具体表现为:基础研究有助于促进全要素生产率提升,但这种促进作用存在较长时滞性,应用研究对全要素生产率提升具有抑制作用;(2)市场化程度提高对基础研究与全要素生产率关系无显著影响,但有助于缓解应用研究对全要素生产率的抑制效应;(3)基于前沿技术差距视角的回归结果表明,上述研究结论在低技术差距行业和高技术差距行业存在明显差异。研究结论不仅可为理解当前中国科技创新困境提供一种新的解释,还可为正确发挥市场资源配置功能提供理论支撑和政策指引。